Project team

Position actuelle : Chargé de Recherche de Classe Normale, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)

• 2018-present: UMR EDB, Université Paul Sabatier, Toulouse.
• 2013-2018: UMR ISEM, Université de Montpellier.
• 2006-2013: UMR BOREA, Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN), Paris.
• 2005-2006: UUR IRD Aires protégées, écosystèmes, gestion et fonctions périphériques, Orléans
• 2005: Post-Doctorate (6th PCRDT – FP6-2003-SSP-2-SARS) – Estacion Biologica de Doñana (CSIC), Sevilla, Spain
• 2002-2004: Attaché Temporaire d’Enseignement et de Recherche (ATER) – Université Paris 7
• 2000-2003: Doctorate (PhD) in Zoology / Systematics and Evolution – MNHN, Paris

• Aguillon, S., Din Dipita, A., Lecompte, E., Missoup, A. D., Tindo, M., and Gaubert, P. 2020 (in press). Development and characterization of 20 polymorphic microsatellite markers for the white-bellied pangolin Phataginus tricuspis (Mammalia, Pholidota). Molecular Biology Reports.
• Fabre, P.-H., Tilak, M.-K., Denys, C., Gaubert, P., Nicolas, V., Douzery, E.J.P., and Marivaux, L. 2018. Flightless scaly-tailed squirrels never learned how to fly: A reappraisal of Anomaluridae phylogeny. Zoologica Scripta 47:404-417.
• Ferreira-Cardoso, S., Billet, G., Gaubert, P., Delsuc, F., and Hautier, L. 2019. Skull shape variation in extant pangolins (Pholidota: Manidae): allometric patterns and systematic implications. Zoological Journal of the Linnean Society 188:255-275.
• Gaubert, P., and A. Antunes. 2015. What's behind these scales? Comments to “The complete mitochondrial genome of Temminck's ground pangolin (Smutsia temminckii; Smuts, 1832) and phylogenetic position of the Pholidota (Weber, 1904)”. Gene 563:106-108.
• Gaubert, P., Antunes, A., Meng, H., Miao, L., Peigné, S., Justy, F., Njiokou, F., Dufour, S., Danquah, E., Alahakoon, J., Verheyen, E., Stanley, W.T., O’Brien, S.J., Johnson, W.E., and Luo, S.J. 2018. The complete phylogeny of pangolins: scaling up resources for the molecular tracing of the most trafficked mammals on Earth. Journal of Heredity 109:347-359.
• Gaubert, P.., F. Njiokou, G. Ngua, K. Afiademanyo, S. Dufour, J. Malekani, S. G. Bi, C. Tougard, A. Olayemi, E. Danquah, C. A. M. S. Djagoun, P. Kaleme, C. N. Mololo, W. Stanley, S.-J. Luo, and A. Antunes. 2016. Phylogeography of the heavily poached African common pangolin (Pholidota, Manis tricuspis) reveals six cryptic lineages as traceable signatures of Pleistocene diversification Molecular Ecology 25:5975-5993.
• Gaubert, P., F. Njiokou, A. Olayemi, P. Pagani, S. Dufour, E. Danquah, M. E. K. Nutsuakor, G. Ngua, A.-D. Missoup, P. A. Tedesco, R. Dernat, and A. Antunes. 2015. Bushmeat genetics: setting up a reference framework for the DNA-typing of African forest bushmeat. Molecular Ecology Resources 15:633-651.
• Gaubert, P., R. P. Patel, G. Veron, S. M. Goodman, M. Willsch, R. Vasconcelos, A. Lourenço, M. Sigaud, F. Justy, B. D. Joshi, J. Fickel, and A. Wilting. 2017. Phylogeography of the small Indian civet and origin of introductions to western Indian Ocean islands. Journal of Heredity 108:270-279.
• Gaubert, P., Justy, F., Mo, G., Aguilar, A., Danyer, E., Borrell, A., Dendrinos, P., Öztürk, B., Improta, R., Tonay, A.M., and Karamanlidis, A.A. 2019. Insights from 180 years of mitochondrial variability in the endangered Mediterranean monk seal (Monachus monachus). Marine Mammal Science 35:1489-1511.
• Gaubert, P., Wible, J., Heighton, S., and Gaudin, T. 2019. Phylogeny and systematics. In: Challender D.W.S., Nash H., Waterman C., Shepherd C.R. (eds) Pangolins: Science, Society and Conservation. Academic Press, London, UK, pp. 5-23.
• Gonedelé, B.S., Koné, I., Béné, J.C.K., Bitty, E.A., Yao, K.A., Kouassi, B.A., and Gaubert, P. 2017. Bushmeat hunting around a remnant coastal rainforest in Côte d’Ivoire. Oryx 51 :418-427.
• Gopalakrishnan, S., Sinding, M.-H.S., Ramos-Madrigal, J., Niemann, J., Samaniego Castruita, J.A., Vieira, F.G., Carøe, C., Manuel Montero, M. de, Kuderna, L., Serres, A., González, V.M., Liu, Y.-H., Wang, G.-D., Marques-Bonet, T., Mirarab, S., Fernandes, C., Gaubert, P., Koepfli, K.-P., Budd, J., Rueness, E.K., Jørgensen, M.P.H., Petersen, B., Sicheritz-Ponten, T., Bachmann, L., Wiig, Ø., Hansen, A.J. & Gilbert, M.T.P. 2018. Interspecific gene flow shaped the evolution of the genus Canis. Current Biology 28:3441-3449.e5.
• Kotze A., Ogden R., Gaubert P., Ahlers N., Ades G., Nash H., Wasser S., Kim H.J., Dalton D.L. 2019. Understanding illegal trade through forensics: applications in law enforcement. In: Challender D.W.S., Nash H., Waterman C., Shepherd C.R. (eds) Pangolins: Science, Society and Conservation. Academic Press, London, UK, pp. 321-332.
• Mallil, K., Justy, F., Rueness, E. K., Dufour, S., Totis, T., Bloch, C., Baarman, J., Mansour, A., and & Gaubert, P. 2020 (in press). Population genetics of the African wolf (Canis lupaster) across its range: first evidence of hybridization with domestic dogs in Africa. Mammalian Biology.
• Papes, M., F. Cuzin, and P. Gaubert. 2015. Niche dynamics in the European ranges of two African carnivores reflect their dispersal and demographic histories. Biological Journal of the Linnean Society 114:737-751.
• Petrozzi, F., G. Amori, D. Franco, P. Gaubert, N. Pacini, E. A. Eniang, G. C. Akani, E. Politano, and L. Luiselli. 2016. Ecology of the bushmeat trade in West and Central Africa. Tropical Ecology 57:547-559.
• Prathapan K.D., Pethitagoda R., Bawa K.S., Raven P.H., Rajan P.D. and 172 co-signatories. 2018. When the cure kills—CBD limits biodiversity research. Science 360:1405-1406.
• Zanvo, S., Gaubert, P., Djagoun, S. C., Azihou, A. F., Djossa, B., & Sinsin, B. 2020. Assessing the spatiotemporal dynamics of endangered mammals through local ecological knowledge combined with direct evidence: The case of pangolins in Benin (West Africa). Global Ecology and Conservation:e01085.
• Zhang, H., M. P. Miller, F. Yang, H. K. Chan, P. Gaubert, G. Ades, and G. A. Fischer. 2015. Molecular tracing of confiscated pangolin scales for conservation and illegal trade monitoring in Southeast Asia. Global Ecology and Conservation 4:414-422.

Co-encadrement de Doctorats

• Yareli Sugey Esquer Garrigos. 2009-2013. « Analyse multi-échelle d’un essaim d’espèces de haute altitude: diversification du complexe agassizii (Orestias, Cyprinodontidae, Teleostei) dans l’Altiplano andin ». BOREA, MNHN, Paris. Financement: Bourses de thèse de l'IRD. Directeur de thèse: Bernard Hugueny. Projet: ANR FISHLOSS.
• Tania Barros. 2010-2013. « Genetic assessment of a successful invasion: Population genetics of the Egyptian mongoose (Herpestes ichneumon) in Portugal ». CESAM, Universidade de Aveiro, Portugal / BOREA, MNHN, Paris. Financement: Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT). Directeur de thèse: Carlos Fonseca (CESAM).
• Kahina Mallil. 2016-[...]. « Stratégies d'utilisation des ressources et approche génétique de quelques populations du genre Canis en Algérie ». Faculté des Sciences Biologiques et Agronomiques, Université Mouloud Mammeri, Tizi-Ouzou, Algérie / EDB, UPS, Toulouse. Financement: Stages de perfectionnement de l’Université Mouloud Mammeri / ressources propres (Maître-assistante). Directeur de thèse: Mansour Amroun (Université Mouloud Mammeri).
• Stanislas Zanvo. 2018-[…]. « Un accès durable aux mammifères les plus braconnés au monde? Impact des réseaux de commerce de faune sauvage sur le statut de conservation des pangolins au Bénin ». Laboratoire d’Ecologie Appliquée, Université d’Abomey-Calavi, Cotonou, Benin / EDB, UPS, Toulouse. Financement: JEAI RADAR-BE. Directeurs de thèse: Brice Sinsin & Bruno Djossa (Université d’Abomey-Calavi). Projet: JEAI RADAR-BE.
• Koffi Jules Gosse. 2018-2020. « Typage moléculaire de la viande de brousse: mise en place d'un outil génétique de conservation de la faune sauvage de Côte d’Ivoire ». Département de Génétique, Université Felix Houphouët-Boigny, Abidjan, Côte d’Ivoire / EDB, UPS, Toulouse. Financement: bourse de Doctorat AMRUGE-CI. Directeur de thèse: Sery Gonedelé Bi (Université Felix Houphouët-Boigny). Projet: AMRUGE-CI.
• Alain Din Dipita. 2018-2020. « Apport du traçage moléculaire à l’étude des circuits de commercialisation de la viande de brousse au Cameroun et ses pays limitrophes : le cas des pangolins et des primates ». UFR Biologie, Université de Douala, Cameroun / EDB, UPS, Toulouse. Financement: bourse d’études SCAC (Institut Français du Cameroun). Directeur de thèse: Alain-Didier Missoup (Université de Douala).
• Sean Heighton. 2019-2021. « Molecular tracing of the illegal trade of pangolins, the most trafficked mammals on Earth ». EDB, UPS, Toulouse. Financement / projet: ANR PANGO-GO. Directeur de thèse: Jérôme Murienne.

Principaux projets financés

• ANRS Flash COVID-19 Sud – 2020-2021. « AFRICoV – Genomic surveillance of SARS-CoV-2(like) viruses in African bushmeat markets, and perceptions of health risks related to COVID-19 and bushmeat consumption ». Coord: EDB Toulouse / Université Felix Houphouët Boigny, Abidjan.
• ANR Fonctionnement Terre vivante (CE02) – 2018-2022. « PANGO-GO – Pangolins going extinct: Tracing the local-to-global trade of the most trafficked mammals on Earth with evolutionary-based toolkits ». Coord: EDB, Toulouse (PI).
• Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT) / R&D Projects. 2018-2021. « BUSHRISK. Tracking the bushmeat: a molecular framework for tracing the African bushmeat trade and risks of emerging diseases ». Coord: CIIMAR, Porto (PI).
• Jeunes Équipes Associées à l’IRD (JEAI). 2018-2021. « RADAR-BE – Renseigner l’Accès Durable Aux Ressources naturelles au Bénin ». Coord: Université d’Abomey-Calavi, Cotonou. Correspondant scientifique.
• Appui à la Modernisation et à la Réforme des Universités et Grandes Ecoles de Côte d’Ivoire (AMRUGE-CI N°2). 2018-2021. « TRACE-BROUSSE - Mise en place d’un protocole de traçage moléculaire du commerce de la viande de brousse et des communautés de pathogènes associées en Côte d'Ivoire ». Coord: Université Felix Houphouët Boigny, Abidjan.
• Fondation Prince Albert 2 de Monaco. 2018-2020. « Génétique de la conservation du phoque moine de méditerranée ». Coord: EDB, Toulouse (PI).
• SPF Santé Publique, Belgique. 2017-2018. « Projet d’étude sur l’importation illégale de viandes, dont viande de brousse, saisies aux aéroports Belges et leur identification CITES ». Coord: Université de Liège.
• ANR – La 6ème extinction. 2009-2013. « FISHLOSS – Approches quantitatives des extinctions passées, présentes et futures des poissons d'eau douce ». Coord: BOREA, Paris (Bernard Hugueny). Responsable d’un work package.
• ECOS-CONICYT (Chili). 2010-2012. « Relations phylogénétiques et processus de spéciation au sein du complexe d’espèces Orestias agassizii (Teleostei, Cyprinodontidae) de l’Altiplano Andin ». Coord: BOREA, Paris (Bernard Hugueny) / Universidad de Chile, Santiago (Marco Mendez).